L’Ordine Militare ed Ospedaliere di S. Giovanni d’Acri e S. Tommaso nasce per volere e volontà del principe di Amorio e barone di Triggiano Aminado De Amerusio, cadetto e discendente diretto dell’imperatore d’Oriente Michele II° "il Balbo" d’Amorio, della famiglia Amoriana o Frigia.

Egli, dopo aver combattuto durante la crociata voluta da papa Innocenzo III°, giunge in in Palestina e più precisamente ad Acri (chiamata anticamente Tolemaide) nella seconda metà del 1204 e, insieme ad altri cavalieri crociati del suo seguito, dà vita il 12 gennaio 1205 al suddetto Ordine; dopo appena tre mesi di attività all’Ordine viene concesso il primo di una lunga serie di riconoscimenti, quello dell’imperatore latino di Costantinopoli Baldovino I° con dipoloma del 18 marzo 1205.

Con questo diploma Baldovino I° riconosce il principe Aminado de Amerusio quale primo Maestro Generale dell’Ordine, rende ereditaria tale carica, pone i cavalieri sotto l’esclusiva giurisdizione dell’Ordine e gli concede dei privilegi; poco tempo dopo, papa Innocenzo III° riconosce l’Ordine e lo pone sotto la Regola di S. Agostino, attraverso la bolla "Zelo sollecitudinesque curisque tuis", riconoscendone anche l’ereditarietà e concedendo ulteriori privilegi.

Il 2 settembre 1259 l’imperatore latino di Costantinopoli Baldovino II° emette un diploma di conferma di quanto già concesso da Baldovino I°, come l’imperatore del Sacro Romano Impero Lodovico IV° il 22 gennaio 1328, come il re di Napoli Ferdinando I° d’Aragona il 23 marzo 1492, come il re di Napoli Federico l’11 giugno 1500, come l’imperatore del Sacro Romano Impero Massimiliano III° d’Asburgo il 5 agosto del 1564, come l’imperatrice Maria Teresa d’Austria il 27 marzo 1733 e come il re d’Italia Vittorio Emanuele III° con decreto reale del 18 gennaio del 1944.

Il 27 marzo del 1733 il re di Polonia Stanislao I° concede al Gran Maestro il titolo nobiliare di marchese del Real Soglio di Polonia; Francesco II°, re delle Due Sicilie, il 22 settembre del 1860 emana un decreto reale con cui riconosce e conferma la sovranità e l’indipendenza dell’Ordine, il valore ufficiale delle decorazioni e titoli nobiliari concessi dall’Ordine e l’immunità diplomatica della sede del Gran Magistero ed al Gran Maestro.

Secondo numerosi storici quest’Ordine è fra i più antichi ordini cavallereschi ed ospedalieri ad essere stati fondati in terra di Palestina con il duplice compito di difesa ed assistenza dei pellegrini che si recavano in Terra Santa: infatti Acri fu la sede ufficiale ed operativa per alcuni decenni e più precisamente fino al 1235, anno in cui il Gran Maestro ed alcuni Cavalieri si trasferiscono in Italia, dopo l’evolversi delle vicende politico e militari del periodo.

La sede ufficiale viene stabilita a Napoli e durante il trascorrere del tempo l’Ordine ha ininterrottamente operato nell’Italia meridionale con alterne fasi di maggiore o minore attività a seconda della situazione politica e militare del periodo, distinguendosi sempre per la sue caratteristiche di Ordine dinastico-patrimoniale della casa degli Amoroso d’Aragona e perciò libero da ogni ingerenza o pressione esterna.

Nel 1252 alcuni cavalieri dell’Ordine partecipano agli eventi bellici in Spagna accanto al re di Castiglia Alfonso X°, impegnato nella guerra contro i Mori; nel 1334 l’Ordine partecipa alla battaglia dell’Alto Egeo con tre galee comandate dal V° Gran Maestro Nicola de Amerusio, insieme alle flotte di Venezia, Cipro, Francia e dell’Ordine Gerosolomitano; nel 1361 dei cavalieri dell’Ordine partecipano alla conquista della città di Adalia; nel 1367 alcune navi dell’Ordine paretecipano alla difesa di Rodi ed alle conseguenti manovre navali contro i Turchi; nel 1571 alcune galee dell’Ordine partecipano alla battaglia di Lepanto, sempre contro i Turchi.

Nella Grande Guerra (1915-18) numerosi cavalieri si distinsero in azioni di guerra per valore ed audacia; nel 1924 il Gran Magistero prende posizione contro il regime fascista; nel 1940 viene costituito, insieme all’Ordine di S. Maria di Betlemme, il centro clandestino denominato Centro ORBET, per favorire ed appoggiare attività antifasciste; nel 1944 molti cavalieri dell’Ordine, con a capo il Gran Maestro, partecipano alle famose "quattro giornate di Napoli" distinguendosi per valore ed audacia, tanto da ricevere medaglie ed attestazioni.

Nel 1944 la sede dell’Ordine viene trasferita in Roma, nel 1949 viene costituito il Patronato Nazionale Assistenziale dell’Ordine, per meglio gestire e potenziare le attività benefiche dei cavalieri e delle dame dell’Ordine a favore dei più deboli e dell’infanzia,; ricordiamo brevemente che i principali Statuti dell’Ordine sono quelli emanati il 24 giugno del 1498, l’8 dicembre del 1862 ed il 24 giugno 1936.

Con la promulgazione dell’Editto Familiare del 14 settembre 1997 il principe ereditario Angelo Maria ha sospeso momentaneamente l’elargizione di onori cavallereschi e nobilitanti con le insegne di San Giovanni d’Acri e San Tommaso. Da questa data tutta l’attività dell’Ordine viene posta sotto la tutela del Capo di Nome e d’Arme di Casa Amoroso d’Aragona in previsione di una importante Riforma di questo istituto amoriense che presto ne riporterà gli Onori nel giusto rilievo delle collazioni dinastiche. Nell’Editto è confermato quale Statuto in vigore quello emanato in Bari il 12 giugno 1932 da S. A. I. e S. il principe Pietro Amoroso d’Aragona. Viene inoltre diffidato “alcuno a prendere iniziative per nome e per conto della Casa Imperiale Amoroso d’Aragona e degli Ordini Dinastici di sua collazione”.